Аналіз молекулярної дієти личинок Anguilliformes leptocephalus, зібраних на заході Півночі
Ролі Концептуалізація, курація даних, формальний аналіз, розслідування, методологія, адміністрування проектів, ресурси, перевірка, візуалізація, написання - оригінальний проект, написання - огляд та редагування
Національний науково-дослідний інститут рибного господарства, Японське агентство рибних досліджень та освіти, Канадзава, Йокогама, Японія
Ролі Концептуалізація, дослідження, методологія, написання - оригінальний проект, написання - огляд та редагування
Національний науково-дослідний інститут рибного господарства, Японське агентство рибних досліджень та освіти, Канадзава, Йокогама, Японія, Інститут досліджень цивільного будівництва для холодного регіону, Науково-дослідний інститут громадських робіт, Саппоро, Хоккайдо, Японія
Ролі Курація даних, ресурси, написання - огляд та редагування
Філія Національний науково-дослідний інститут рибного господарства, Японське агентство рибних досліджень та освіти, Канадзава, Йокогама, Японія
Ролі Придбання фінансування, адміністрування проекту
Національний науково-дослідний інститут рибного господарства, Японське агентство рибних досліджень та освіти, Канадзава, Йокогама, Японія
Ролі Вимірювання даних, Формальний аналіз, Розслідування
Філія Національний науково-дослідний інститут рибного господарства, Японське агентство рибних досліджень та освіти, Канадзава, Йокогама, Японія
Дослідження ролей, ресурси
Філія Національний науково-дослідний інститут рибного господарства, Японське агентство рибних досліджень та освіти, Канадзава, Йокогама, Японія
Інститут досліджень аквакультури філій, Університет Кіндай, Хігасімуро, Вакаяма, Японія
Ролі Придбання фінансування, розслідування, адміністрування проекту
Філія Tohoku Національний інститут досліджень рибного господарства, Японське агентство з досліджень та освіти в галузі рибного господарства, Shiogama, Miyagi, Японія
Ролі Збір даних, Формальний аналіз
Афіліація RIKEN Center for Sustainable Resource Science, Цурумі, Йокогама, Японія
Ролі Збір даних, Формальний аналіз, Написання - огляд та редагування
Афіліація RIKEN Center for Sustainable Resource Science, Цурумі, Йокогама, Японія
Дослідження ролей, написання - огляд та редагування
Станція Shibushi, Національний науково-дослідний інститут аквакультури, Японське агентство з досліджень та освіти рибного господарства, Shibushi, Кагосіма, Японія
Ролі Збір даних, Формальний аналіз, Перевірка, Візуалізація, Написання - огляд та редагування
Національний науково-дослідний інститут рибного господарства, Японське агентство рибних досліджень та освіти, Канадзава, Йокогама, Японія
- Сейнен Чау,
- Нобухару Інаба,
- Сатоші Нагай,
- Хіроакі Курогі,
- Йодзі Накамура,
- Такаші Янагімото,
- Хідекі Танака,
- Дайсуке Хасегава,
- Тайга Асакура,
- Джун Кікучі
Цифри
Анотація
Цитування: Chow S, Inaba N, Nagai S, Kurogi H, Nakamura Y, Yanagimoto T, et al. (2019) Аналіз молекулярної дієти личинок Anguilliformes leptocephalus, зібраних у західній частині північної частини Тихого океану. PLoS ONE 14 (11): e0225610. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0225610
Редактор: Рейчел С. Порецький, Університет Іллінойсу в Чикаго, США
Отримано: 10 липня 2019 р .; Прийнято: 7 листопада 2019 р .; Опубліковано: 27 листопада 2019 р
Наявність даних: Усі дані послідовності доступні за LC439371 ‒ LC439410, LC464077 ‒ LC464098, LC474264 ‒ LC474368.
Фінансування: Ця робота була підтримана грантами від проекту Інституту прогресу досліджень біоорієнтованих технологій, NARO (проект спеціальної схеми передових досліджень та розробок для технологій наступного покоління) для DH.
Конкуруючі інтереси: Автори заявили, що не існує конкуруючих інтересів.
Вступ
Нещодавно для визначення вмісту кишечника лептоцефалів використовуються молекулярні аналізи. Незважаючи на те, що послідовності 18S рДНК у найрізноманітніших організмів планктону були виявлені в кишці лептоцефалів європейського вугра (A. anguilla), головним раціоном підозрювали драглистий зоопланктон (гідрозойні медузи) [12]. Однак у зразках кишечника лептоцефалів японського вугра жодної рибосомальної ДНК тваринного походження (внутрішній транскрибований спейсер 1) не виявлено, а в раціоні підозрювали вже деградований матеріал [13]. Нещодавно було застосовано більш досконалий метагеномічний аналіз із використанням послідовності наступного покоління (NGS), який показав, що 76% зчитувань рДНК 18S, виявлених із кишечника лептоцефалуса європейського вугра, належить до типу Cnidaria [14]. Однак споживання медуз-медоносів суперечить результатам аналізу стабільного ізотопу, за яким, як повідомляється, трофічні позиції лептоцефалів є низькими [6,15–19]. Невід’ємною проблемою попередніх молекулярних досліджень [12–14] є те, що жоден зразок з поверхні тіла лептоцефалів не аналізувався, що могло б стати основним джерелом перехресного забруднення.