Стійкість і репрезентація транскриптомів гемопоетичних ліній у зібраній периферії PAXgene ™
Інформація про статтю
Основна лабораторія досліджень трансляційної медицини, Центр сера Джеймса Блека, вулиця Дау, Університет Данді, DD1 5EH, Великобританія Тел: 44 (0) 1382 386 349; Факс: 44 (0) 1382 386 419; Електронна пошта: [захищена електронною поштою] або [захищена електронною поштою] * Автори однаково сприяли цій роботі.
Анотація
Вступ
Розробка високоякісних біомаркерів для прогресування хвороби, цільової взаємодії, фармакодинамічних ефектів та ефективності сполук є центральним для трансляційних зусиль, спрямованих на створення персоналізованої медицини. Однак ідентифікація таких біомаркерів часто ускладнюється відсутністю доступу до тканин-мішеней із безпосередньою біологічною участю. Таким чином, периферична кров (ПБ) стає дедалі привабливішим джерелом сурогатного матеріалу замість тканини-мішені як фокус для виявлення та застосування біомаркерів, представляючи одне з найбільш доступних та практичних джерел біологічного матеріалу, зібраного в клініці, і дозволяє значною мірою неінвазивний метод повторного аналізу у одного і того ж пацієнта (Burczynski and Dorner, 2006).
Транскрипційне профілювання з PB можна досягти за допомогою ряду методологій та пов'язаних з ними робочих процесів; наприклад a) цільна кров, b) збагачені мононуклеарні фракції (PBMC) або c) вибрані/збагачені специфічні гемопоетичні лінії. Природно, що кожен із цих підходів має певні переваги та недоліки. Представлення гемопоетичних ліній в PBMC або виділених/збагачених фракціях, хоча і не вимагає введення стратегій зменшення глобіну перед експериментами з мікрочипами, природно обмежується досліджуваними лініями, і декілька клітинних ліній, як наслідок, відмовляються від подальшого аналізу. Глобальне профілювання РНК цільної крові, хоча і переважно для того, щоб захопити транскриптом крові в повному обсязі, традиційно вимагає стратегій зменшення глобіну до генерації зонда для аналізу мікрочипів, щоб зменшити перешкоди транскриптів глобіну з масивними зондами. На додаток до збільшення кроків обробки, ці процедури додають ризик артефактичної модуляції транскриптома, а корисність стратегій зменшення глобіну піддавала сумніву в декількох звітах (Liu et al. 2006; Li et al. 2008; Dumeaux et al. 2008).
Послідовність даних профілювання експресії генів цільної крові в значній мірі залежить від методу стабілізації зразка, що застосовується при флеботомії або під час зберігання (Debey et al. 2006; Rainen et al. 2002). Існують технології збору та зберігання зразків цільної крові, розроблені для спроби подолати проблеми, пов'язані з клінічним забором та стабільністю транскриптома PB. Одна з них, система РНК крові PAXgene ™ (PreAnalytiX, Hornbrechtikon, Швейцарія) складається з евакуйованої пробірки РНК PAXgene ™ для забору крові та обробного набору для виділення загальної РНК із цільної крові. Пробірка для збору PAXgene ™ містить власний реагент, який, як повідомляється, негайно стабілізує внутрішньоклітинну РНК протягом 3 днів при кімнатній температурі. Потенціал мінімізувати вимогу до термінової обробки зразків за рахунок підвищення стабільності транскриптома клінічної проби в цій матриці є центральним для відкриття надійних біомаркерів.