Функція R Документація

Знайдіть найвищі збагачені терміни GO

Ця функція знаходить найвищі збагачені генні онтології (функціональні анотації) у списках генів.

функція

Використання
Аргументи

файл .xlsx, що містить списки наданих користувачем генів, або вказаних користувачем генів, або асоційованих генів, знайдених select.associated.genes () або select. асоційований.ортологи () .

верктор символів, що дає популяцію всіх генів.

символ, що вказує шлях до файлу відображення GO, який містить інформацію про відображення ідентифікаторів генів до термінів GO.

символ, що вказує ім'я файлу .txt для зберігання результатів роботи цієї функції: найвищі збагачені терміни GO у списках вхідних генів.

ціле число, що вказує кількість основних термінів GO, які повинні бути включені в результати. За замовчуванням 20.

вектор символів, що містить ідентифікатори GO всіх тонких термінів GO.

булеве значення, яке вказує, чи виводити теплову карту для найвищих збагачених GO тонких термінів. Теплова карта дає результати збагачення для всіх зразків GO тонких термінів, які принаймні збагачені одним біологічним зразком. Якщо теплова карта = ІСТИНА, ця функція виводить файл у форматі PDF із назвою "Найкращі збагачені терміни GO у зразках.pdf".

Деталі

Щоб скористатися цією функцією, завантажте файл відображення видів, що представляють інтерес, з веб-сайту http://geneontology.org/page/download-annotations. Переконайтесь, що цей файл знаходиться в робочому каталозі R, і встановіть GOmappingfile на ім'я файлу.

списки генів можуть бути як вихідним .xlsx-файлом select.associated.orthologs (), вихідним .xlsx-файлом select.associated.genes (), так і .xlsx-файлом того самого формату, що містить надані користувачем списки генів. Якщо користувачі хочуть використовувати гени, що перекриваються, або ортологи, що перекриваються, вони можуть знайти їх у вихідних файлах .xlsx файлів ws.trom (), ws.trom.orthologs () або bs.trom (). Користувачі можуть вибрати стовпці, які їх цікавлять, і ущільнити їх у новий файл .xlsx, а потім передати ім'я нового файлу .xlsx у списки gene_lists .