Функціональна анотація всіх геномів лосося (FAASG) - міжнародна ініціатива, що підтримує майбутнє
Анотація
Ми описуємо нову ініціативу - "Функціональну анотацію всіх геномових геномів" (FAASG), яка використовуватиме широке розмаїття ознак, що склалося після цілого випадку дублювання геному у предка лососевих, для розвитку інтегративного розуміння функціональної геномної основи фенотипової варіації. Результати FAASG матимуть різноманітне застосування, починаючи від вдосконаленого розуміння еволюції генома, закінчуючи підвищенням ефективності та стійкості виробництва аквакультури, підтримуючи майбутнє фундаментальних та прикладних досліджень у знакових рибних лініях, що мають важливе суспільне значення.
Важливість лососевих риб: від еволюції до стійкого виробництва їжі
Лососеві поєднують наукове, суспільне та економічне значення, що є унікальним серед риб (оглянуто в [1]). Вони природним чином розповсюджені у свіжих та морських місцях проживання по всій Північній півкулі і були занесені в Південну Америку, Австралію, Африку та Близький Схід. Вони виконують ключові екологічні функції, напр. [2], але багато популяцій зменшується, і великі зусилля спрямовуються на їх збереження та управління, особливо щодо антропогенних змін, напр. [3]. Лососі включають щонайменше 70 видів (але їх іноді класифікують як> 200), що мають багате різноманіття пристосувань та стратегій життєвої історії [4]. Велике фенотипічне різноманіття лососевих риб забезпечує чудову систему вивчення для розуміння адаптивних розбіжностей та екологічних особливостей [4, 5], що потенційно сприяло дублюванню цілого генома (РГД) у їх спільного предка
95 Mya [6, 7]. Лососева аквакультура та вилов риболовлі (переважно атлантичного лосося Сальмо салар Л. і Онкоринх spp.) відіграють важливу роль в економічній та/або продовольчій безпеці кількох країн, складаючи 7,2/16,6% усієї риби, що торгується, у перерахунку на частку за вагою/вартістю [8].
Обґрунтування ініціативи FAASG
Порівняльно-еволюційні рамки FAASG. Показані вихідні цільові види для функціональних анотацій (див. Таблицю 1) та їх еволюційні взаємозв'язки (каліброване за часом дерево після [7]). Вибрані види походять з усіх трьох підродин лососевих. Позиція РГД, характерна для лосося, виділена (після [7, 9, 10]), поряд з латинськими назвами родів. Додаткові види лососевих, які є майбутніми потенційними цілями для функціональних анотацій, не показано. Дві лінії, де вважається, що анадромна історія життя еволюціонувала самостійно, виділено «А» (після [47]). Статус ресурсів геноміки показано праворуч від дерева: квадрати та кола вказують на збірки генома та транскриптома відповідно (темно-сірий = ресурс, опублікований або близький до публікації; світло-сірий = ресурс, що знаходиться в активній розробці; ‘Ch’ = закріплений хромосомою геном)