Межі вагінальних та сечових мікробіомів у жінок в менопаузі з інтерстиціальним кліматом

Мікробіом у здоров’ї та хворобах

Редаговано

Шай Бел

Університет Бар-Ілан, Ізраїль

Переглянуто

Алан Дж. Вулф

Університет Лойоли, Чикаго, США

Гена Д. Трібл

Науковий центр охорони здоров'я Техаського університету в Х'юстоні, США

Приналежності редактора та рецензентів є останніми, наданими в їхніх дослідницьких профілях Loop, і вони не можуть відображати їх ситуацію на момент огляду.

Завантажити статтю
- Завантажте PDF
- ReadCube
- EPUB
- XML (NLM)
- Додаткові
  Матеріал
Експортне посилання
- EndNote
- Довідковий менеджер
- Простий текстовий файл
- BibTex

ПОДІЛИТИСЯ НА

СТАТТЯ Оригінального дослідження

1 Кафедра акушерства та гінекології, Університет Луїсвілля, Луїсвілл, Кентуккі, США
2 Відділ мікробіології та імунології, Центр раку Джеймса Грема Брауна, Університет Луїсвілля, Луїсвілл, Кентуккі, США
3 Кафедра біоінформатики та біостатистики, Університет Луїсвілля, Луїсвілл, Кентуккі, США

Інтерстиціальний цистит/синдром болю в сечовому міхурі (ICBPS) може бути пов’язаний із зміненим сечостатевим мікробіомом. Нашою метою було порівняти вагінальні та сечові мікробіоми між жінками в пременопаузі з ICBPS та контролем, на який не впливали. У цьому поперечному дослідженні були проведені скринінгові дослідження жінок перед менопаузою за допомогою опитувальника О'Лірі-Санта (ICBPS, якщо оцінка ≥6 за будь-яким індексом; контроль мазка ТМ (Бектон Дікінсон, Франклін Лейкс, Нью-Джерсі) із середини вагінальних стінок та чистого улову, сечовий зразок середини в стерильній чашці (окремо від зразка mUA). Вагінальні та сечові зразки герметично закривали і зберігали в холодильнику (4 ° C) для 10% основ, які мали показник якості ≤30, видаляли за допомогою FASTX-Toolkit. Було збережено ≥400 пар основ, які містили відповідні послідовності праймерів. Після цього химерні послідовності були видалені за допомогою реалізації алгоритму UCHIME (Edgar et al., 2011) у VSEARCH v2.4.4 (Rognes et al., 2016).

Послідовності були згруповані в оперативні таксономічні одиниці (OTU), використовуючи QIIME v1.9.1 (Navas-Molina et al., 2013). Ми згрупували читання в OTU на 97% схожості, використовуючи підхід з відкритим посиланням у QIIME. Спочатку зчитування кластеризувалося за допомогою алгоритму SortMeRNA (Kopylova et al., 2012) щодо бази даних Greengenes (v13_8) (DeSantis et al., 2006). За цим слідували de novo кластеризація за допомогою SUMACLUST (v1.0.00) (Mercier and Coissac, 2013). OTU були нормалізовані шляхом випадкової субдискретизації (розрідження) до 5000 і 10000 зчитувань на вибірку. Ми проаналізували дані, які були розріджені на глибину 5000 послідовностей/зразок, оскільки 10000 послідовностей/зразок не знайшли більш інформативними та усунули життєздатні дані (рис. 2).

Первинним результатом стала наявність анаеробних або прискіпливих організмів як переважних родів зразка (> 50% прочитаних), на основі минулих досліджень, що свідчать про збільшення цих мікроорганізмів до мікробіому сечі жінок із захворюваннями сечових шляхів (Pearce et al. ., 2014; Karstens et al., 2016). Ми визначили анаеробні або вибагливі бактерії як такі, що включають Prevotella, Mobiculus, Gardnerella vaginalis, Mycoplasma, Ureaplasma, Bacteroides, та аеробні бактерії, які не культивуються класично в культурі 1. Це було пілотне дослідження без попередніх даних по темі для розрахунку потужності; ми прагнули набрати 20 пацієнтів у групу для зручності вибірки.

Ми розрахували два показники альфа-різноманітності для кожної проби (сечі та піхви кожного пацієнта), використовуючи QIIME: оцінку Chao1 (багатство) та індекс Сімпсона (рівність та багатство). Індекс рівності Макінтоша та індекс Шеннона (рівномірність та багатство) також були розраховані для кожної вибірки як додаткові міри альфа-різноманітності. Координатні ділянки принципу бета-різноманітності (PCO) були сформовані з використанням філогенетичних відстаней UniFrac (Lozupone and Knight, 2005). Аналізи Перманової (зважені та незважені) підрахували значимість відстаней Unifrac між двома групами. Процентиль прочитань певного роду для вибірки (із загальної кількості прочитаних у вибірці) був розрахований для 5-ти найпоширеніших родів, оскільки за п’ятьма основними родами процентилі були настільки хвилинні (2 .