Нормалізація даних метаболоміки за допомогою EigenMS

Філіальна школа математики та фізики Університету Тасманії, Хобарт, TAS, Австралія

Дочірній інститут Мензіса Тасманії, Університет Тасманії, Хобарт, TAS, Австралія

Центральна наукова лабораторія філії, Університет Тасманії, Хобарт, TAS, Австралія

Партнерський центр фізичних та аерокосмічних фізіологічних наук, Королівський коледж Лондона, Лондон, Великобританія, Підрозділ ефективності виявлення фіброзу, R&D GlaxoSmithKline, Стівенедж, Великобританія

Карпієвич Юлія Василівна,
Соня Б. Ніколич,
Річард Вілсон,
Джеймс Е. Шарман,
Ліндсей М. Едвардс

Цифри

Анотація

Ділянки зразків інтенсивності зразків у порядку запуску на приладі для режиму позитивних іонів. Кожна коробка представляє зразок, кожен з п’яти днів представлений різним кольором. Зниження інтенсивності вказує на втрату інтенсивності сигналу протягом кожного дня.

Втрата інтенсивності вибірки ускладнює порівняння між експериментальними групами, а також призводить до збільшення кількості відсутніх значень у наступних вибірках. Таким чином, необхідні ретельне експериментальне проектування та рандомізація порядку вибірки, щоб мінімізувати впровадження систематичних упереджень та будь-яке можливе змішування результатів. Наш досвід змушує нас рекомендувати використовувати зразки контролю якості для моніторингу роботи приладу LC-MS. Наприклад, ми впроваджували зразки контролю якості протягом експериментальних прогонів, щоб допомогти нам контролювати продуктивність приладів. Ми застосували неповний дизайн блоку, де кожен блок складався з чотирьох зразків, двох діабетів та двох контрольних зразків у рандомізованому порядку. Кожен блок був поставлений у фігурні дужки зразками контролю якості, щоб дозволити оператору контролювати експеримент та проводити системну діагностику, якщо спостерігалася різниця в інтенсивності сигналу прогонів контролю якості. У цьому дослідженні зразки контролю якості не використовувались для обробки та нормалізації даних.