Поєднання даних про вірусну геноміку та громадське здоров’я відкрило нові подробиці щодо спалаху паротиту
У 2016 та 2017 роках випадки паротиту в університетах району Бостона спонукали дослідників вивчати передачу вірусу свинки за допомогою геномних даних у співпраці з Департаментом охорони здоров'я штату Массачусетс та місцевими університетськими службами охорони здоров'я. По мірі розгортання спалахів групи аналізували геноми вірусу паротиту, зібрані у пацієнтів, виявляючи нові зв’язки між випадками, які вперше виявилися непов’язаними, та іншими подробицями поширення хвороби, які не були очевидними з епідеміологічного розслідування.
Команди передавали свої дані щодо послідовності та висновки в режимі реального часу під час спалахів, як між собою, так і з широким науковим співтовариством, і тепер повідомляють про свої висновки у PLOS Біологія.
Аналіз вірусних геномів спалаху може показати, як вірус розвивається та передається - дані, які можуть допомогти службовцям охорони здоров’я уповільнити та зупинити розповсюдження хвороби.
"Геномні дані про вірус з високою роздільною здатністю, зібрані за зразками пацієнтів, дозволяють нам реконструювати частини спалаху, які спочатку не виявляються", - сказав співстарший автор Пардіс Сабеті, член інституту Броуд Інституту, професор Гарварда Університету та слідчий медичного інституту Говарда Хьюза. "Чим краще ми розуміємо ланцюги передач у подібних ситуаціях, тим краще ми можемо інформувати про зусилля щодо контролю спалахів та розробляти стратегії для прогнозування та припинення їх у майбутньому".
У штаті Массачусетс типовий рівень паротиту становить менше 10 випадків на рік, але в 2016 році було зареєстровано понад 250 випадків захворювання, а в 2017 році - понад 170, незважаючи на високі показники вакцинації. Багато випадків були з 18 коледжів та університетів штату, включаючи Гарвардський університет, Університет штату Массачусетс Амхерст та Бостонський університет (ці три університети відповідали певним критеріям, щоб забезпечити захист конфіденційності пацієнтів у цьому дослідженні, і погодилися бути названими в статті) . Інші спалахи спалахнули деінде в Бостоні та по всій країні приблизно в той же час.
Ці моделі випадків викликали питання про те, наскільки вірус циркулював у Массачусетсі та серед населення США. Щоб дізнатись більше, дослідницькі групи поєднали традиційні епідеміологічні дані з аналізом цілих послідовностей геному вірусу паротиту 201 заражених осіб, зосередившись головним чином на університетських громадах Массачусетсу.
Проникнення паротиту
Вірусні геномні дані виявили подробиці про спалахи в районі Бостона, які неможливо було відновити, покладаючись виключно на більш традиційні підходи. Наприклад, дослідники виявили чіткий зв'язок між випадками в Гарварді та спалахом захворювання у Східному Бостоні, які були класифіковані як окремі спалахи в ході первинного розслідування охорони здоров'я.