Асамблея примирення Біоінформатика Oxford Academic

Заступник редактора: Алекс Бейтман

який їхню думку

Олексій В. Зімін, Дуглас Р. Сміт, Грейнджер Саттон, Джеймс А. Йорк, примирення Асамблеї, Біоінформатика, том 24, випуск 1, 1 січня 2008 року, сторінки 42–45, https://doi.org/10.1093/bioinformatics/ btm542

Анотація

Мотивація: Багато геномів послідовно співпрацюються кількома центрами, а потім кожен центр виробляє збірку за допомогою власного збірного програмного забезпечення. Потім співавтори вибирають проект асамблеї, який, на їхню думку, є найкращим, а інформація, що міститься в інших асамблеях, зазвичай не використовується.

Методи: Ми розробили техніку, яку ми називаємо узгодженням збірки, яка може об'єднати чорнові збірки геномів. Він приймає один чорновий вузол, виявляє явні помилки і, коли це можливо, латає проблемні ділянки, використовуючи шматки з альтернативних чорнових вузлів. Він також закриває зазори в місцях, де одна з альтернативних збірок правильно перекрила зазор.

Результати: Використовуючи техніку примирення Асамблеї, ми створили узгоджені збірки шести видів дрозофіл у співпраці з Agencourt Bioscience та Інститутом Дж. Крейга Вентера. Зараз ці збори є офіційними (CAF1), що використовуються для аналізу. Ми також виготовили узгоджену збірку геному макаки резус, і ця збірка доступна на нашому веб-сайті http://www.genome.umd.edu.