Безкоштовний повнотекстовий ефект молекулярної конформації білка та стану протонування AMP на світлячків
Представлення хімічних форм оксилуциферину, конформацій білка та станів протонування АМФ, розглянутих у цьому дослідженні.
Графічне зображення двох моделей водневих зв’язків, знайдених під час моделювання (кето-4G36-AMPH як репрезентативний випадок) між фенолятною частиною (O1) з (а) молекулами води (схема 1) або (b) ARG377 та молекулами води ( візерунок 2). (c) Імітовані спектри випромінювання для двох моделювань MD: імітація MD A кето-4G36-AMPH (червона лінія) характеризується схемою водневих зв'язків 1, а MD моделювання B кето-4G36-AMPH (чорна лінія) характеризується воднем -вик візерунка 2.
Графічне зображення моделей водневих зв’язків, знайдених під час моделювання (а) кето-4G36-AMPH та (b) кето-4G37-AMPH. (c) Гістограма, що показує кількість молекул води в межах 3 ангстремів O2 під час моделювання. (d) Імітовані спектри випромінювання для кето-4G36-AMPH та кето-4G37-AMPH.
Графічне зображення моделей водневих зв’язків, знайдених під час моделювання (а) кето-4G36-AMP та (b) кето-4G37-AMP. (c) Імітовані спектри випромінювання для кето-4G36-AMP та кето-4G37-AMP.
Графічне зображення моделей водневих зв’язків, знайдених під час моделювання (а) енол-4G36-AMPH за участю GLY341 та AMPH - (шаблон 1), (b) енол-4G36-AMPH, що включає лише AMPH - (шаблон 2) та (c ) енол-4G37-AMPH (малюнок 2). (d) Імітовані спектри випромінювання для енол-4G36-AMPH (червоний) та енол-4G37-AMPH (чорний).
Графічне зображення моделей водневих зв’язків, знайдених під час моделювання (а) енол-4G36-AMP та (b) енол-4G37-AMP. (c) Гістограма, що показує кількість молекул води в межах 3 ангстремів O2 під час моделювання. (d) Імітовані спектри випромінювання для enol-4G36-AMP та enol-4G37-AMP.
Імітовані спектри випромінювання, інтенсивність яких нормалізована з урахуванням найбільш інтенсивного спектру (enol-4G37-AMP) як еталонного значення 1, змінюючи конформацію білка та стан протонування AMP для (a) фенолат-кето та (b) фенолату енольні хімічні форми оксилуциферину.