Як боротися з паразитами власними геномами Світовий економічний форум
Нерівне навантаження: як пандемія COVID-19 збільшує навантаження на жінок
Коронавірус спричиняє "рекордне падіння" викидів викопного палива в 2020 році
Ось чому нам слід перевірити всіх на наявність COVID-19
“Анкилостоми заражають величезний відсоток людської популяції. Додавання чистої води та санітарії до найбільш постраждалих регіонів допомогло б покращити анкилостомів та низку інших паразитів, але оскільки це великі, складні проблеми, з якими важко вирішити ситуацію, нам також слід працювати над препаратами для їх лікування ”, - каже керівник дослідження Пол Стернберг, Томас Хант Морган, професор біології в Caltech і слідчий медичного інституту Говарда Хьюза.
Лікарські засоби розроблені для лікування інфекцій анкилостоми, але паразити почали виробляти стійкість до цих препаратів. В рамках пошуку нових ефективних препаратів Штернберг та його колеги дослідили геном виду анкілостомоза, відомого як Ancylostoma ceylanicum. Інші види анкилостомозних хробаків викликають більше захворювань серед людей, але A. ceylanicum викликав інтерес дослідників, оскільки він також заражає деякі види гризунів, які зазвичай використовуються для досліджень. Це означає, що дослідники можуть легко вивчити весь процес зараження паразитом всередині лабораторії.
Команда розпочала з секвенування всіх 313 мільйонів нуклеотидів геному A. ceylanicum, використовуючи можливості секвенування наступного покоління Лабораторії генетики та геноміки Мілларда та Мюріель Джейкобсів в Калтех. У послідовності наступного покоління велика кількість ДНК - наприклад, геном - відтворюється спочатку як багато дуже коротких послідовностей. Потім комп’ютерні програми поєднують загальні послідовності в коротких нитках, щоб укласти їх у набагато довші нитки.
"Правильне складання коротких послідовностей може бути порівняно складним аналізом, але ми маємо досвід секвенування геномів хробаків таким чином, тому ми досягли успіху", - каже Ігор Антошечкін, директор лабораторії Якобса.
Результати їх послідовності показали, що, хоча геном A. ceylanicum становить лише близько 10 відсотків від розміру людського геному, він насправді кодує щонайменше на 30 відсотків більше генів - загалом близько 30 000, у порівнянні з приблизно 20 000-23 000 в геномі людини. Однак із цих 30000 генів основні гени, які вмикаються спеціально, коли паразит руйнує свого господаря, є найбільш важливими для розробки потенційних препаратів для боротьби з глистом.