Оцінка чисельності населення для контролю якості наборів даних ChIP-Seq

Ролі Курація даних, Формальний аналіз, Розслідування, Методологія, Ресурси, Програмне забезпечення, Візуалізація, Написання - оригінальний проект, Написання - огляд та редагування

Філії BIOSOFT.RU, ТОВ, Новосибірськ, Російська Федерація, Інститут обчислювальних технологій СО РАН, Новосибірськ, Російська Федерація, Інститут цитології та генетики СО РАН, Новосибірськ, Російська Федерація

Ролі Формальний аналіз, методологія, написання - оригінальний проект, написання - огляд та редагування

Філії BIOSOFT.RU, ТОВ, Новосибірськ, Російська Федерація, Інститут обчислювальних технологій СО РАН, Новосибірськ, Російська Федерація

Ролі Курація даних, Ресурси

Ролі Концептуалізація, методологія, написання - огляд та редагування

Філії BIOSOFT.RU, LLC, Новосибірськ, Російська Федерація, Новосибірський державний університет, Новосибірськ, Російська Федерація

Ролі Концептуалізація, курація даних, методологія, адміністрування проектів, ресурси, нагляд, написання - огляд та редагування

Семен К. Колмиков,
Кондрахін Юрій Васильович,
Іван С. Євшин,
Шаріпов Руслан Миколайович,
Рябова Анна Сергіївна,
Федір Олександрович Колпаков

Цифри

Анотація

Цитування: Колмиков С.К., Кондрахін Ю.В., Євшин І.С., Шаріпов Р.Н., Рябова А.С., Колпаков Ф.А. (2019) Оцінка чисельності населення для контролю якості наборів даних ChIP-Seq. PLoS ONE 14 (8): e0221760. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0221760

Редактор: Лі Чень, Обернський університет - Гаррісонська фармацевтична школа, США

Отримано: 6 червня 2019 р .; Прийнято: 14 серпня 2019 р .; Опубліковано: 29 серпня 2019 р

Наявність даних: Усі відповідні дані містяться в роботі.

Фінансування: Ця робота підтримується Російським науковим фондом, грантовим договором № 19-14-00295 (http://rscf.ru/uk/) між SKK, YVK, ISY, RNS, ASR, FAK. Фінансист не брав участі у розробці досліджень, зборі та аналізі даних, прийнятті рішення про публікацію чи підготовці рукопису.

Конкуруючі інтереси: Автори заявили, що не існує конкуруючих інтересів.

Вступ

Розуміння основних механізмів регуляції транскрипції залишається великим викликом у сучасній біології. Регулювання транскрипції - це складний процес, в якому фактори транскрипції (ТФ) відіграють ключову роль. Як правило, TF розпізнають і зв'язуються з відповідними сайтами зв'язування TF (TFBS) в геномі. Розпізнавання цих синдромів у цілих геномах in silico залишається однією з найскладніших проблем біоінформатики. В наш час імунопреципітація хроматину з подальшим секвенуванням (ChIP-Seq) є широко використовуваною експериментальною технологією для ідентифікації зв’язуючих ділянок TF (TFBR), що містять TFBS. На сьогодні проведено десятки тисяч експериментів ChIP-Seq. Розумно припустити, що ця кількість буде швидко зростати з року в рік.