3. Створіть «Підроблений» геномний вузол для будь-якої змінної групування¶
Скажімо, у нас є фенотиповий набір даних із 500 зразками та стовпцями для віку суб’єкта, стану, в якому він живе, та його ваги. Звичайно, ми знаємо, що вага, як правило, збільшується з віком, а також деякі стани мають вищу поширеність ожиріння. Через це ми можемо захотіти побудувати змінну ваги у браузері геномів та розділити дані за станом, подібно до поділу хромосомою у генотиповому наборі даних.
Для продовження вам знадобиться набір даних, завантажений на початку цього посібника. Від відкритого проекту перейдіть до Імпорт> Текст. Перейдіть до місця завантаження та виберіть ожиріння.csv файл. Потім клацніть відчинено, залиште налаштування за замовчуванням і натисніть в порядку.
- Тепер відкрийте набір даних про ожиріння - Аркуш 1.
- Вибирайте Файл> Створити карту маркерів з електронної таблиці.
- Для Виберіть стовпець імені маркера: вибрати Етикетки рядків (sampleID), для Виберіть колонку хромосоми: вибрати держава, і для Виберіть стовпець позиції: вибрати вік. Введіть Карта штату США як Назва нової карти маркера.
- Ваше вікно має відповідати малюнку 2. Клацніть Далі>.
- Залишати вага: в Створення параметрів карти маркерів - Крок другий вікно встановлено і натисніть Створити щоб створити карту маркера.
Рисунок 2. Створіть карту маркера з вікна електронної таблиці
Тепер потрібно застосувати карту. Від набір даних про ожиріння - аркуш 1 електронну таблицю вибрати Файл> Застосувати карту генетичного маркера і виберіть ту, яку ми щойно створили. Переконайтеся, що вибрали Етикетки рядків під Назви маркерів внизу вікна та натисніть в порядку (див. малюнок 3). З'явиться інше діалогове вікно, яке дозволить нам увімкнути поля карти маркерів за замовчуванням. Наразі залиште всі три позначеними та натисніть в порядку. Буде створено новий зіставлений аркуш.