Безклітинний повнотекстовий дієтичний імуностимулятор CpG модулює мікроРНК біомаркери, пов’язані з

Огляд експериментальної конструкції. Після 7-тижневого випробування на годування риб, яких годували обома дієтами, піддавали імунітету внутрішньочеревно (ІР) ін’єкцією стерильного сольового солі, забуференного фосфатом (PBS), бактеріального антигену Aeromonas salmonicida (ASAL) або вірусної імітації полірибоінозинової полірибоцитидилової кислоти (pIC) . Шаблони головних нирок голови (HK), підготовлені mirVana, з трьох з кожної введеної PBS-, pIC- та ASAL (лише контрольна дієта) були обрані для глибокого секвенування на основі оцінки qPCR експресії відомого pIC (тобто isg15a, mxb, irf7b) та ASAL (тобто campb, tlr5a, il1b) транскрипти імунного біомаркеру. Вибрані pIC- та/або ASAL-чутливі мікроРНК вивчали за допомогою qPCR, використовуючи всі зразки обох дієтичних груп. * Аналізи мРНК qPCR проводили з використанням загальної РНК, обробленої ДНКазою та очищеної колоною.

імуностимулятор

qPCR-аналіз мікроРНК, визначений за допомогою глибокого секвенування як такий, що реагує як на ін’єкції pIC, так і на ASAL (n = 8–9). Побудовано середні коефіцієнти ефективності log2 з барами SE. Зірочка (*) представляє суттєву різницю між дієтами в кожному ін'єкційному лікуванні (ppx-вісь. Для розрахунку зміни кратності qPCR загальну регуляцію збільшення складання розраховували як 2 A-B, як у Xue et al. [46], де A - середнє значення log2 RQ з груп pIC або ASAL, а B - середнє значення log2 RQ з групи PBS, що відповідає дієті. (A) miR-27d-1-2-5p; (B) miR-29b- 2-5p; (C) miR-146a-5p; (D) miR-146a-1-2-3p; (E) miR-221-5p.

qPCR-аналіз мікроРНК, виявлених глибоким секвенуванням як такі, що реагують лише на pIC (n = 8–9). Побудовано середні коефіцієнти ефективності log2 з барами SE. Зірочка (*) представляє суттєву різницю між дієтами в кожній ін'єкційній обробці (ppx-вісь. Для розрахунку зміни кратності qPCR загальна регуляція збільшення складання була розрахована як 2 A − B, як у Xue et al. [46], де A - середнє значення log2 RQ із груп pIC або ASAL, а B - середнє значення log2 RQ із групи PBS, що відповідає дієті. (A) miR-30e-1-2-3p; (B) miR-135bd- 5p; (C) miR-181a-5-3p; (D) miR-462a-3p.

qPCR-аналіз мікроРНК, виявлених глибоким секвенуванням як такі, що реагують лише на ASAL (n = 8–9). Побудовано середні коефіцієнти ефективності log2 з барами SE. Зірочка (*) представляє суттєву різницю між дієтами в кожному ін'єкційному лікуванні (ppx-вісь. Для розрахунку зміни кратності qPCR загальну регуляцію збільшення складання розраховували як 2 A-B, як у Xue et al. [46], де A є середнім значенням log2 RQ з груп pIC або ASAL, а B - середнім значенням log2 RQ з групи PBS, що відповідає дієті. Для мікроРНК, що регулюються вниз, значення зміни складок були інвертовані (-1/зміна складок) . (A) miR-192a-5p; (B) miR-194a-5p; (C) miR-725-5p; (D) miR-роман-16-5p; (E) miR-722-3p; (F ) miR-727a-3p.

qPCR-аналіз базальної експресії (зразки перед ін’єкцією) кандидатних pIC- та/або ASAL-чутливих мікроРНК, виявлених глибоким секвенуванням (n = 8). Побудовано середні коефіцієнти ефективності log2 з барами SE. Зірочка (*) вказує на суттєву різницю між дієтами для даної мікроРНК (p A − B, як у Xue et al. [46], де A - середнє значення log2 RQ із групи CpG, а B - середнє значення log2 RQ від контрольної групи. Для регульованих занизу міРНК значення згину були інвертовані (-1/зміна згину). (A) miR-27d-1-2-5p; (B) miR-29b-2-5p; (C) miR-30e-1-2-3p; (D) miR-135bd-5p; (E) miR-146a-5p; (F) miR-146a-1-2-3p; (G) miR- 181a-5-3p; (H) miR-192a-5p; (I) miR-194a-5p; (J) miR-221-5p; (K) miR-462a-3p; (L) miR-722-3p; (M) miR-725-5p; (N) miR-727a-3p; (O) miR-роман-16-5p.