Дослідження асоціації широкого геному щодо зовнішнього вигляду зерна та якості подрібнення у всесвітній колекції

Порівну сприяв цій роботі разом із: Сяньцзінь Цю, Юньлун Панг

Дослідницький інженерно-дослідний центр екології та сільськогосподарського використання водно-болотних угідь, Міністерство освіти/Сільськогосподарський коледж, Університет Янцзи, Цзінчжоу 434025, Китай

Порівну сприяв цій роботі разом із: Сяньцзінь Цю, Юньлун Панг

Афілійований інститут рослинництва/Національний ключовий фонд ресурсів генетичних культур та поліпшення генетики, Китайська академія сільськогосподарських наук, Пекін 100081, Китай

Інститут рослинництва/Національний ключовий фонд для генетичних ресурсів рослин та генетичного вдосконалення, Китайська академія сільськогосподарських наук, Пекін 100081, Китай, Шеньчженьський інститут селекції та інновацій, Китайська академія сільськогосподарських наук, Шеньчжень 518120, Китай

Міжнародний науково-дослідний інститут рису, DAPO Box 7777, метро Маніла, Філіппіни, CIRAD, UMR AGAP, F-34398 Монпельє, Франція

Міжнародний науково-дослідний інститут рису, DAPO Box 7777, метро Маніла, Філіппіни

Сяньцзінь Цю,
Юньлун Панг,
Чжихуа Юань,
Данінг Сін,
Цзяньлун Сю,
Майкл Дінгкун,
Чжиканг Лі,
Гою Є

Цифри

Анотація

Цитування: Qiu X, Pang Y, Yuan Z, Xing D, Xu J, Dingkuhn M, et al. (2015) Дослідження асоціацій, що мають широкий геном, щодо зовнішнього вигляду зерна та якості подрібнення у всесвітній колекції зародкової плазми Indica Rice. PLoS ONE 10 (12): e0145577. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0145577

Редактор: Ратанг Сінгх Ядав, Університет Аберіствіт, ВЕЛИКОБРИТАНІЯ

Отримано: 24 вересня 2015 р .; Прийнято: 4 грудня 2015 р .; Опубліковано: 29 грудня 2015 року

Наявність даних: Усі відповідні дані знаходяться в газеті та в допоміжних файлах.

Фінансування: Це дослідження було надане Глобальним науковим партнерством щодо рису (GRiSP), Національною програмою досліджень і розробок у галузі високих технологій 863 від Міністерства науки і технологій Китаю (2014AA10A601), План Шеньчженського павича, Фондом природничих наук Китаю (31461143014, 31261140369), та Спільний інноваційний центр Хубей для зернової промисловості.

Конкуруючі інтереси: Автори заявили, що не існує конкуруючих інтересів.

Вступ

Більшість рис, що визначають якість рису, кількісно успадковуються, контролюються множинними генами/QTL [2] і зазнають впливу середовища, що росте [4]. Що стосується інших складних ознак, то картографування QTL із використанням двох батьківських популяцій, отриманих з батьківських ліній контрастності, широко використовується для ідентифікації QTL для різних ознак якості рису. Протягом останніх десятиліть повідомлялося про багато генів/QTL для якості зовнішнього вигляду рисових зерен та якості подрібнення. GW1-1 і GW1-2 [5], qGRL1.1 [6], GS2 [7], GW3 і GW6 [8], qGL-4b [9], qPGWC-7 [10] qGL-7 [11], qGRL7.1 [6], gw8.1 [12], gw9.1 [13], tgw11 [14] були точно відображені. GW2 [15], GS3 [16], qGL-3 [17], qSW5 [18], GS5 [19], Крейда5 [20], TGW6 [21], GW6a [22], SRS1 [23], GL7/GW7 [24, 25], GW8 [26] та CycT1; 3 [27] були клоновані. Корисність деяких добре охарактеризованих генів/QTL була доведена в популяції indica з різноманітними лініями розмноження [4].

Однак, картографування QTL з використанням однієї біпропецької популяції має кілька важливих обмежень, включаючи необхідність створення популяції, що розділяє цільову ознаку, можливість оцінки лише двох алелів на локус та обмежену кількість мейозу. Ідентифікувати можна лише обмежену кількість QTL, оскільки можна виявити лише QTL, для якого розрізняються два батьки. Враховуючи обмежений обсяг кожного дослідження, картографування однієї і тієї ж ознаки у різних неповнолітніх популяціях може дати різні QTL. Більше двох алелей, ймовірно, будуть розділятися на локус, і напрямки ефектів QTL можуть відрізнятися залежно від генетичного фону через епістаз, плейотропію та взаємодію QTL від оточуючого середовища (QEI) [28].