Функціональне значення супутньої інактивації hMLH1 та hMSH6 у пухлинних клітинах
Відредаговано Річардом Д. Колоднером, Каліфорнійський університет у Сан-Дієго, Ла-Холла, Каліфорнія, та затверджено 11 жовтня 2001 р.
Стаття Рисунки & SI
Цифри
Стратегія виділення субклонів SW48 з диким або інактивованим геном hMSH6. +/+, hMSH6 дикого типу; +/−, гетерозиготний для мутацій зсуву кадру hMSH6; -/-, гомозиготний для мутацій зсуву кадру hMSH6.
Спектр мутацій гена hprt у клітинах MSH6 (+/+) та MSH6 (-/-). Показана структура кДНК гена hprt (вказані лише екзони 1 і 9). Екзон 1 починається з пари основ 1, а екзон 9 - у пари основ 657. Мутації представлені такими символами: ▴, вставка одного нуклеотиду; ▾, делеція одного нуклеотиду; ▿, делеція двох нуклеотидів; ●, перехід на парах основ C⋅G; ○, перехід на парах основ A⋅T; □, трансверсія. Цифри вказують на положення мутованих нуклеотидів. Положення мутованих нуклеотидів в інтронних послідовностях позначається як положення кДНК - або + відповідна кількість нуклеотидів в інтронах.
Аналіз вмісту мРНК клітинної hMLH1. Мультиплексовану RT-PCR проводили з праймерами, специфічними для генів hMLH1 та hprt. Клітинні лінії LoVo та DLD-1, а також клітини SW48, оброблені протягом 48 год різними дозами 5-аза-2′-дезоксицитидину (2 мкМ та 10 мкМ аза), використовували як позитивний контроль для експресії hMLH1. Чотири HPrt - одноклітинні клони, отримані з клітинних ліній MSH6 (+/+) або (-/-), аналізували на експресію hMLH1. Одноклітинні клони 1 і 2 є мутантами з мутацією hprt із зсувом кадрів, а одноклітинні клони 3 і 4 є мутантами з мутаціями hprt із заміщенням основи.
Столи
Мутації гена hprt, виявлені в клітинних лініях MSH6 (+/+) та MSH6 (-/-)
| 28-2 | a gAT- g gAT | Перехід | Помилка сплайсингу | 1 | - |
| 65 | T T T-T C T | Перехід | Missense (Phe → Ser) | - | 1 |
| 98 | A3-A2 | Видалення | Зсув кадру | 1 | - |
| 133 | A GG- G GG | Перехід | Missense (Arg → Gly) | - | 1 |
| 146 | Т2-Т3 | Вставка | Зсув кадру | - | 1 |
| 151 | C GA- T GA | Перехід | Нісенітниця (Arg → зупинка) | - | 4 |
| 197 | Т Г Т-Т А Т | Перехід | Missense (Cys → Tyr) | 1 | - |
| 202 | C TC- T TC | Перехід | Missense (Leu → Phe) | 1 | - |
| 207 | G6 – G7 | Вставка | Зсув кадру | 19 | 7 |
| 207 | G6 – G5 | Видалення | Зсув кадру | 5 | 1 |
| 325 | C CA GT-CGT | Видалення | Зсув кадру | - | 1 |
| 385-2 | a gAA-ggAA | Перехід | Помилка сплайсингу | 1 | 1 |
| 395 | A T T-A C T | Перехід | Missense (Ile → Thr) | 1 | - |
| 404 | Г А Т-Г Г Т | Перехід | Missense (Asp → Gly) | 1 | - |
| 419 | G G C-G T C | Трансверсія | Міссенс (Глі → Вал) | - | 1 |
| 421 | A4 – A5 | Вставка | Зсув кадру | 1 | - |
| 454 | C AG- T AG | Перехід | Нісенітниця (Gln → зупинка) | 1 | 4 |
| 483 | А2 – А1 | Видалення | Зсув кадру | 1 | - |
| 496 | A4 – A3 | Видалення | Зсув кадру | 1 | - |
| 508 | C GA- T GA | Перехід | Нісенітниця (Arg → зупинка) | 6 | 17 |
| 532 + 1 | CT g t-CT a t | Перехід | Помилка сплайсингу | - | 1 |
| 533-2 | a gTT- g gTT | Перехід | Помилка сплайсингу | 2 | - |
| 533−1 | a g TT-a t TT | Трансверсія | Помилка сплайсингу | 1 | 1 |
| 568 | Г ГА- Т ГА | Трансверсія | Нісенітниця (Глі → зупинка) | - | 1 |
| 577 | C TT - A TT | Трансверсія | Missense (Leu → Ile) | - | 1 |
| 580 | G AC- A AC | Перехід | Missense (Asp → Asn) | 1 | - |
| 582 | GA C -GA A | Трансверсія | Missense (Asp → Glu) | 1 | 1 |
| 610-2 | a gCA - g gCA | Перехід | Помилка сплайсингу | 2 | - |
| 610−1 | a g CA-a a CA | Перехід | Помилка сплайсингу | 1 | - |
| 610 | C AT- T AT | Перехід | Missense (His → Tyr) | 1 | 6 |
| Разом | 50 | 50 |