GitHub - EGA-archiveega-download-client Основний клієнт для завантаження EGA на основі Python

Клієнт завантаження EGA: pyEGA3

клієнт

Клієнт завантаження pyEGA3 - це інструмент на основі пітона для перегляду та завантаження файлів із авторизованих наборів даних EGA. pyEGA3 використовує EGA Data API і має кілька ключових особливостей:

  • Файли передаються через захищені https-з'єднання і отримуються в незашифрованому вигляді, тому немає необхідності в дешифруванні після завантаження.
  • Завантаження відновлюються з того місця, де вони зупинились, якщо зв’язок перервано.
  • pyEGA3 підтримує сегментування файлів та паралельне завантаження сегментів, покращуючи загальну продуктивність.
  • Після завершення завантаження цілісність файлу перевіряється за допомогою контрольних сум.
  • pyEGA3 реалізує протокол htsget, сумісний з GA4GH, для завантаження геномних діапазонів для файлів даних із супровідними файлами індексів.

Відео-посібник, що демонструє використання pyEGA3 від встановлення через завантаження файлів, доступний тут.

pyEGA3 здійснює https-дзвінки до EGA AAI (https://ega.ebi.ac.uk:8443) та API даних EGA (https://ega.ebi.ac.uk:8052). Обидва порти 8443 та 8052 повинні бути доступні з місця, де виконується pyEGA3, щоб уникнути тайм-аутів.

Для користувачів Linux/Mac перевірте, чи відкриті порти 8443 та 8052, виконавши такі команди:

Якщо порти відкриті, команди повинні надрукувати CONNECTED на терміналі.

Для користувачів Windows перевірте, чи відкриті порти 8443 та 8052, перейшовши за такими URL-адресами:

Якщо порти відкриті, обидва сайти повинні завантажуватися без таймаутів.

Встановлення та оновлення

Встановіть pyEGA3 за допомогою pip3.

За потреби оновіть pyEGA3, використовуючи pip3.

Перевірте встановлення pip3, запустивши pyEGA3.

Використання conda (канал біоконда)

Встановіть pyEGA3 за допомогою conda.

За потреби оновіть pyEGA3, використовуючи conda.

Перевірте установку конда, запустивши pyEGA3.

Клонуйте сховище ega-download-client GitHub.

Перейдіть до каталогу, де було клоновано сховище.

Три сценарії надаються для встановлення необхідного середовища Python залежно від операційної системи хоста.

  • Linux (Red Hat): red_hat_dependency_install.sh
  • Linux: debian_dependency_install.sh
  • macOS: osx_dependency_install.sh

Виконайте сценарій, відповідний операційній системі хоста. Наприклад, якщо ви використовуєте Red Hat Linux, запустіть:

Перевірте інсталяцію GitHub, запустивши pyEGA3.

Використання - завантаження файлу

Тестування установки pyEGA3

Ми рекомендуємо протестувати всі свіжі установки pyEGA3. Створено тестовий обліковий запис, який можна використовувати (-t) для тестування таких дій pyEGA3:

Перелічіть набори даних, доступні для тестового рахунку