Мишачі генетичні моделі рівня ожиріння ожиріння I типу та потужність загальновживаних аналізів
Предмети
Анотація
Передумови/Цілі
Генетичні фактори ожиріння часто вивчаються на мишачих моделях. Однак обсяги вибірки цих досліджень часто є невеликими, і дані можуть порушувати припущення загальних статистичних тестів, таких як нормальність розподілу. Ми дослідили, чи впливає у цих випадках на рівень помилок та потужність типу I вибір статистичного тесту.
Предмети/Методи
Ми провели симуляцію на основі «плазмоди», використовуючи емпіричні дані про масу тіла (вагу) з мишачих генетичних моделей ожиріння. Для моделювання помилок типу I розподіл ваги було скориговано, щоб забезпечити відсутність різниці в середніх показниках між контрольною та мутантною групами. Для моделювання потужності розподіли мутантних груп були зміщені для забезпечення конкретних розмірів ефекту. Три-двадцять мишей були відібрані з емпіричних розподілів для створення плазмоди. Потім ми розрахували частоту помилок та потужність I типу для п’яти типових тестів на плазмодах: Student т тест, Welch’s т тест, тест суми рангу Вількоксона (він же Манн – Уітні U тест), тест перестановки та тест завантажувальної стрічки.
Результати
Ми спостерігали інфляцію помилок типу I для всіх тестів, крім тесту bootstrap, з невеликими вибірками (≤5). Інфляція помилок типу I зменшувалась із збільшенням обсягу вибірки (≥8), але залишалася. Слід уникати тесту Вілкоксона через неоднорідність розподілу. Що стосується потужності, відхилення від еталону спостерігалося на невеликих зразках для всіх тестів. Порівняно з іншими тестами, тест завантажувальної стрічки мав меншу потужність при малих зразках.
Висновки
Загалом, тест на завантажувальний ремінь рекомендується для невеликих зразків, щоб уникнути інфляції помилок типу I, але ця перевага пов'язана з меншою потужністю. Коли обсяг вибірки досить великий, Welch’s т тест рекомендується через велику потужність з мінімальним накачуванням помилок типу I.
Параметри доступу
Підпишіться на журнал
Отримайте повний доступ до журналу протягом 1 року
лише 31,08 € за випуск
Усі ціни вказані у нетто-цінах.
ПДВ буде додано пізніше під час оплати.
Оренда або купівля статті
Отримайте обмежений за часом або повний доступ до статей на ReadCube.
Усі ціни вказані у нетто-цінах.
Список літератури
Національний центр із заміщення, вдосконалення та скорочення кількості тварин у дослідженнях (NC3R). https://www.nc3rs.org.uk/. Доступ 12 лютого 2019 р.
Елісон Д.Б., Браун А.В., Джордж Б.Дж., Кайзер К.А. Відтворюваність: трагедія помилок. Природа. 2016; 530: 27–9.
Brown AW, Kaiser KA, Allison DB. Проблеми з даними та аналізом: помилки, основні теми та потенційні рішення. Proc Natl Acad Sci. 2018; 115: 2563–70.
Національні академії наук, техніки та медицини. Проблеми відтворюваності при дослідженні з тваринами та моделями тварин: короткий семінар. Вашингтон, округ Колумбія: The National Academies Press; 2015. с. 8.
Беглі К.Г., Іоаннідіс Дж. Відтворюваність у науці: вдосконалення стандарту фундаментальних та доклінічних досліджень. Circ Res. 2015; 116: 116–26.
Беглі К.Г., Елліс Л.М. Підвищити стандарти доклінічних досліджень раку. Природа. 2012; 483: 531.
Кілкенні С, Браун Відж Дж., Катілл ІК, Емерсон М, Альтман Д.Г. Покращення звітності про наукові дослідження в галузі біологічних наук: КЕРІВНИЦТВА ПРИБУТИ для звітування про дослідження на тваринах. PLoS Biol. 2010; 8: e1000412.
Smith AJ, Clutton RE, Lilley E, Hansen KEA, Brattelid T. PREPARE: керівні принципи для планування досліджень та випробувань на тваринах. Лабораторія Anim. 2018; 52: 135–41.
Студент. Ймовірна помилка середнього значення. Біометрика. 1908; 6: 1–25.
Welch BL. Узагальнення студентських проблем, коли задіяно кілька різних дисперсій популяції. Біометрика. 1947; 34: 28–35.
Mann HB, Whitney DR. Під час перевірки того, чи одна з двох випадкових величин стохастично більша за іншу. Енн математика 1947; 18: 50–60.
Уілкоксон Ф. Індивідуальне порівняння методами ранжування. Бик Бик. 1945; 1: 80–3.
Пітман Едж. Тести на значимість, які можуть бути застосовані до зразків будь-якої популяції. J R Stat Soc. 1937; 4: 119–30.