Модулюючі ГАМК бактерії мікробіоти кишечника людини Nature Microbiology

Предмети

Анотація

Параметри доступу

Підпишіться на журнал

Отримайте повний доступ до журналу протягом 1 року

лише 4,60 € за випуск

Усі ціни вказані у нетто-цінах.
ПДВ буде додано пізніше під час оплати.

Оренда або купівля статті

Отримайте обмежений за часом або повний доступ до статей на ReadCube.

Усі ціни вказані у нетто-цінах.

модулюючі

Наявність даних

Дані про послідовність 16S рРНК та геном для KLE1738 доступні у NCBI (MH636586 та PRJNA482656, відповідно). Дані про послідовність American Gut доступні в EBI за вступом ERP012803. Дані fMRI доступні на розсуд M.J.D. Усі інші дані, що підтверджують результати цього дослідження, можна отримати у відповідного автора за запитом.

Список літератури

Fung, T. C., Olson, C. A. & Hsiao, E. Y. Взаємодія мікробіоти, імунної та нервової систем у стані здоров'я та хвороб. Нат. Невроски. 20, 145–155 (2017).

Браун, Х. П. та ін. Культивування `` некультурної '' мікробіоти людини виявляє нові таксони та велике спороношення. Природа 533, 543–546 (2016).

Lagier, J. C. та співавт. Відродження культури в мікробіології на прикладі культуроміки для вивчення мікробіоти кишечника людини. Клін. Мікробіол. Преподобний. 28, 237–264 (2015).

Lagkouvardos, I., Overmann, J. & Clavel, T. Культурні мікроби представляють значну частку мікробіоти кишечника людини та миші. Кишкові мікроби 8, 493–503 (2017).

Д’Онофріо, А. та ін. Сидерофори із сусідніх організмів сприяють росту некультурних бактерій. Хім. Біол. 17, 254–264 (2010).

Фен, К. та співавт. Хінони є чинниками росту мікробіоти кишечника людини. Мікробіом 5, 161 (2017).

Carlier, J. P., Bedora-Faure, M., K’Ouas, G., Alauzet, C. & Mory, F. Пропозиція об'єднати Clostridium orbiscindens Вінтер та ін. 1991 та Eubacterium plautii (Сегін 1928) Хофстад і Аасйорд 1982, з описом Flavonifractor plautii ген. лист., греб. листопада та перепризначення Bacteroides capillosus до Pseudoflavonifractor capillosus ген. лист., греб. листопад. Міжнародний Дж. Сист. Евол. Мікробіол. 60, 585–590 (2010).

Кларинг, К. та співавт. Intestinimonas butyriciproducens ген. лист., сп. нов., бактерія, що продукує бутират, з кишечника миші. Міжнародний Дж. Сист. Евол. Мікробіол. 63, 4606–4612 (2013).

Ярза, П. та ін. Об'єднує класифікацію культивованих та некультурних бактерій та архей з використанням послідовностей генів 16S рРНК. Нат. Преподобний Мікробіол. 12, 635–645 (2014).

Фодор, А. А. та ін. "Найбільш розшукувані" таксони з мікробіома людини для секвенування цілого геному. PLOS ONE 7, e41294 (2012).

Лагкувардос, І. та ін. IMNGS: всеосяжний відкритий ресурс оброблених 16S-рРНК-мікробних профілів для досліджень екології та різноманітності. Наук. Респ. 6, 33721 (2016).

Гудман, А. Л. та ін. Широкі колекції особистих культур мікробіоти кишечника людини, що характеризуються та маніпулюються у мишей-гнотобіотиків. Proc. Natl Акад. Наук. США 108, 6252–6257 (2011).

Deutscher, J., Francke, C. & Postma, P. W. Як фосфорилювання фосфотрансферази, пов'язане з фосфорилюванням, регулює вуглеводний обмін у бактерій. Мікробіол. Мол. Біол. Преподобний. 70, 939–1031 (2006).

Feehily, C. & Karatzas, K. A. Роль метаболізму глутамату у реакціях бактерій на кислотні та інші стреси. J. Appl. Мікробіол. 114, 11–24 (2013).

Hardman, J. K. & Stadtman, T. C. Метаболізм омега-амінокислот. I. Ферментація гамма-аміномасляної кислоти шляхом Clostridium aminobutyricum n. sp. Дж. Бактеріол. 79, 544–548 (1960).

Fallingborg, J. Внутрішньопросвітній рН шлунково-кишкового тракту людини. Ден. Мед. Бик. 46, 183–196 (1999).

Азіз, Р. К. та ін. Сервер RAST: швидкі анотації з використанням технології підсистем. BMC Genomics 9, 75 (2008).

Бейтман, А. та ін. UniProt: центр для інформації про білки. Нуклеїнові кислоти Res. 43, D204 – D212 (2015).

Макдональд, Д. та ін. Американська кишка: відкрита платформа для досліджень мікробіомів для наук про громадян. mSystems 3, e00031–18 (2018).

Сніт, П. Х. Принципи бактеріальної таксономії. Proc. Р. Соц. Мед. 65, 851–852 (1972).

Аркін, А. П. та ін. База знань Міністерства енергетичних систем біології США. Нат. Біотехнол. 36, 566–569 (2018).

Ni, Y., Li, J. & Panagiotou, G. Молекулярний ландшафт взаємодії мікробіомів дієта-кишечник: до дієтичних втручань, спрямованих на гени бактерій. mBio 6, e01263-15 (2015).

Хаас, Б. Дж. Та ін. Реконструкція послідовності транскриптів De novo з РНК-послідовності за допомогою платформи Trinity для генерації та аналізу посилань. Нат. Проток. 8, 1494–1512 (2013).

Мацумото, М. та співавт. Всмоктування товстої кишки низькомолекулярними метаболітами під впливом мікробіому кишечника: пілотне дослідження. PLOS ONE 12, e0169207 (2017).

ван Берло, C. L. та співавт. Виробництво гамма-аміномасляної кислоти в тонкому і товстому кишечнику нормальних щурів Wistar, що не містять мікробів. Вплив споживання їжі та кишкової флори. Гастроентерологія 93, 472–479 (1987).

Фудзісака, С. та ін. Дієта, генетика та мікробіом кишечника зумовлюють динамічні зміни метаболітів плазми. Клітинний представник. 22, 3072–3086 (2018).

Luscher, B., Shen, Q. & Sahir, N. Гіпотеза дефіциту GABAergic про основний депресивний розлад. Мол. Психіатрія 16, 383–406 (2011).

Девідсон, Р. Дж., Піццагаллі, Д., Ніцке, Дж. Б. і Путнам, К. Депресія: перспективи афективної нейронауки. Анну. Преподобний Психол. 53, 545–574 (2002).

Грейцій, М. Proc. Natl Акад. Наук. США 100, 253–258 (2003).

Greicius, M. D. та співавт. Функціональна зв’язок у стані спокою при великій депресії: аномально збільшений внесок підродової цингуляльної кори та таламуса. Біол. Психіатрія 62, 429–437 (2007).

Шеліне, Ю. І. та ін. Типовий режим мережі та самореференційні процеси при депресії. Proc. Natl Акад. Наук. США 106, 1942–1947 (2009).

Лістон, К. та співавт. Мережеві механізми транскраніальної магнітної стимуляції в режимі за замовчуванням при депресії. Біол. Психіатрія 76, 517–526 (2014).

Кехлін, Е. та Гіафіл, А. Передня передньофронтальна функція та межі прийняття рішень людиною. Наука 318, 594–598 (2007).

Wager, T. D., Davidson, M. L., Hughes, B. L., Lindquist, M. A. & Ochsner, K. N. Префронтально-підкіркові шляхи, що опосередковують успішну регуляцію емоцій. Нейрон 59, 1037–1050 (2008).

Тілліш, К. та співавт. Структура мозку та реакція на емоційні подразники, пов’язані з профілями мікробів кишечника у здорових жінок. Психосом. Мед. 79, 905–913 (2017).