Безкоштовна повнотекстова одноярусна мінливість виразів передбачає функцію комірки HTML

Відбір високооднорідної популяції клітин для аналізу мінливості. (A) Тривимірна діаграма вбудовування PHATE для G1-фазних клітин GM12878. Кожна точка представляє одну клітинку в тривимірному просторі. Червоне коло вказує приблизні позиції 1000 вибраних комірок. (B) Вбудовування графіків, згенерованих для 1000 вибраних комірок з алгоритмом t-SNE із низкою значень сумнівів.

безкоштовна

Ідентифікація високо змінних генів (HVG). (A) Взаємозв'язок між CV 2 та середньою експресією генів у LCL GM12878. Помаранчева лінія показує тенденцію до кривої гамма-відповідність GLM між CV 2 та середнім виразом та використовується для ідентифікації HVG. Для кожного гена залишкова мінливість обчислюється як різниця між спостережуваним CV 2 та очікуваним CV 2 від встановленої кривої. (B) Профілі експресії вибраних HVG та низько змінних генів у клітинах. Клітини не сортуються і залишаються випадковим порядком. Кожна вертикальна лінія є клітиною, а висота лінії вказує на рівень експресії гена в кількості на мільйон (CPM) у клітині.

Мережі спільного вираження провідних HVG. (A) Мережа спільної експресії між найбільш мінливими HVG LCL та двома збагаченими мотивами зв'язування, ідентифікованими в цих HVG. (B) та (C) - для LAEC та DF, відповідно. Гени, позначені жовтим кольором, є тими, що діють як "концентратор" з високою центральністю між центрами і тісно відповідають функції клітинного типу.

Генрегуляторна мережа та кореляційна матриця LCL HVG. (A) Модель регуляторної мережі NF-κB для диференціації активованих клітин В-клітин (ABC) -антитіл (ASC), модифікована з [60]. Жирним шрифтом позначено HVG; зірочка позначає вищезазначені ФТ, орієнтовані на ГВГ; суцільна лінія пунктирна лінія вказує на регуляторні відносини, що підтримуються кореляцією між двома відповідними генами, а пунктирна лінія вказує на регуляторні відносини, не підтримувані кореляцією вираження між генами. (B) Розсіяний графік клітин, що показує кореляцію між рівнями експресії трьох HVG: IRF4, AICDA (AID) та PRDM1 (Blimp-1). Колірна смужка вказує рівень виразності PRDM1 (Blimp-1). (C) Кореляційна матриця Спірмена між рівнями експресії восьми генів, що беруть участь у моделі. Зелені квадратики вказують на те, що ознака кореляції між двома генами узгоджується з ефектом (індукція/репресія) взаємозв'язку між ними в регуляторній моделі. Червоні ящики вказують на невідповідність, тоді як сірі вказують на відсутність прямої залежності відповідно до моделі.