Європейський інститут біоінформатики


У консорціумі GO існує ряд модельних баз даних про організм, які є авторитетним джерелом анотацій GO для відповідних видів. Ці групи також регулярно інтегрують анотації з інших джерел, включаючи GOA (багатовидовий ресурс).

біоінформатики

GOA також надає низку видоспецифічних файлів для людини, миші, щура, даніо, арабідопсиса, курки, собаки, корови, свині, диктиостелію, хробака, дріжджів та дрозофіли. Анотації в цих файлах базуються на записах у геноцентричному референсному протеомі UniProtKB (GCRP), білкових комплексах (Complex Portal) та некодуючих РНК (RNACentral). GOA інтегрує ручні анотації з усіх інших груп консорціуму GO, а також низку зовнішніх груп, що анотують, де анотований ідентифікатор продукту гена може бути зіставлений з одним із трьох ідентифікаторів, які ми підтримуємо (UniProtKB, Комплексний портал та ідентифікатори RNACentral).
На нашому FTP-сайті доступні як модельні групи організмів, так і специфічні для GOA файли.

2. Чому я не бачу анотацію в записі UniProtKB, коли вона з’являється у файлі асоціації генів?


Цьому може бути кілька причин:

A. Якщо виявляється, що ручна анотація відсутня:

Якщо анотація GO була нещодавно створена, тоді UniProtKB може ще не мати перехресних посилань на анотацію; може бути затримка часу до 3 місяців.

B. Якщо виявляється, що відсутня електронна анотація:

Якщо ви переглядаєте кураторський запис UniProtKB (тобто такий у розділі Swiss-Prot в UniProtKB), тоді тут відображаються не всі електронні анотації. Включаються лише анотації деяких методів, таких як відображення HAMAP2GO та EC2GO.

Крім того, набори анотацій GO, що відображаються в UniProtKB, фільтруються, щоб спробувати надати вичерпний, але стислий набір перехресних посилань. Щоб перейти із запису UniProtKB до браузера QuickGO (який відображатиме найсучасніший та повний набір ручних та електронних анотацій до білка), натисніть на посилання [Переглянути повну анотацію GO на QuickGO] у унизу розділу перехресних посилань GO запису UniProtKB.

Однак, якщо жодна з цих причин, як видається, не стосується вашої відсутньої анотації, повідомте нам про це, і ми проведемо розслідування!

3. Чому видоспецифічні файли та файл асоціації багатовидових генів UniProt відрізняються?


Файл асоціації генів GOA UniProt містить усі ручні та електронні анотації, призначені GOA записам UniProtKB. Цей набір даних містить анотації до понад 800 000 різних видів (https://www.ebi.ac.uk/GOA/uniprot_release) і є надлишковим для електронних анотацій, коли два різні електронні методи призначили однаковий або менш детальний термін GO.

Файли, специфічні для виду, створюються за допомогою довідкових повних наборів протеомів для визначення білкового складу файлів. Файли, що стосуються видів, можуть містити анотації як до переглянутого (Swiss-Prot), так і до непереглянутого (TrEMBL) приєднання UniProtKB. Будь-який користувач, який бажає ідентифікувати лише розглянуту (Swiss-Prot) підгрупу анотації білків UniProt, зможе продовжувати це робити, використовуючи інформацію, надану у файлі gp_information.goa_uniprot, який можна знайти тут; ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/GO/goa/UNIPROT/gp_ .