Кількісне відображення РНК-опосередкованого ядерного рецептора ядерного естрогену β-інтерактома при раку молочної залози людини
Предмети
Анотація
Ядерний рецептор естрогену 2 (ESR2, ERβ) модулює проліферацію ракових клітин і ріст пухлини, виконуючи онкосупресивну роль при раку молочної залози. Протеоміка взаємодії шляхом тандемного очищення спорідненості, поєднаного з мас-спектрометрією, раніше застосовувалася в клітинах ВС для ідентифікації білків, що діють спільно з ERβ для контролю ключових клітинних функцій, включаючи транскрипцію генів, сплайсинг РНК та регуляцію мРНК після транскрипції. Ці дослідження показали участь РНК у складі та функціях інтерактома ERβ. Застосовуючи очищення нативного білкового комплексу з подальшим нано LC-MS/MS до і після в пробірці Видалення РНК, ми створили великий набір нещодавно ідентифікованих ядерних ERβ-взаємодіїв, включаючи підмножину, пов’язану з рецептором через Мост РНК. Ці набори даних будуть корисними для подальшого вивчення ролі ERβ, ядерних РНК та інших білків, ідентифікованих тут у БК та інших типів клітин.
| Тип конструкції | дизайн паралельної групи • дизайн порівняння типів клітин • мета ідентифікації взаємодії білка та РНК |
| Тип вимірювання | виявлення білково-білкової взаємодії |
| Тип (и) технології | нанопотокова рідинна хроматографія-тандемна мас-спектрометрія |
| Тип фактора | генотип • експериментальний стан • біологічна реплікація |
| Зразок характеристики | клітина клітини лінії безсмертної людської грудей |
Передумови та резюме
Ідентифікація та характеристика мультипротеїнових комплексів, що беруть участь у функціях ERβ, є критичним етапом для ідентифікації молекулярних основ його сигналізації в клітинах BC. Протеоміка взаємодії, що поєднує очищення та ідентифікацію нативних білкових комплексів за допомогою мас-спектрометрії, є золотим стандартом для отримання такої інформації, і ми та інші картографували ERβ-взаємодії людських клітин у різних експериментальних умовах 14–19. За допомогою цього підходу ми нещодавно продемонстрували, що ERβ може взаємодіяти з AGO2 в клітинах BC і що це опосередковується однією або кількома РНК 19, що вперше припускає, що РНК відіграє роль у складанні та/або стабілізації взаємодій ERβ, як вже показано для інших ядерних рецепторів 20–22 .
У цьому дослідженні ми створили нові набори даних про взаємодію білків ERβ шляхом очищення природних комплексів, екстрагованих з експресують C-кінцеві ядра ERβ (Ct-ERβ) MCF-7 клітинних ядер до та після обробки РНКазою, з подальшою кількісною кількісною протеомікою (рис. 1). Результати дають розширений погляд на ERβ-ядерний інтерактом клітин BC, включаючи ідентифікацію білково-білкових взаємодій, опосередкованих РНК, які тепер можуть бути використані не тільки для розуміння молекулярних основ активності ERβ, але також функцій всіх інших ідентифікованих білків.
