Геномна епідеміологія на ранніх стадіях спалаху ГРВІ-CoV-2 в Росії medRxiv
- Знайдіть цього автора на Google Scholar
- Знайдіть цього автора на PubMed
- Шукайте цього автора на цьому сайті
- Запис ORCID для Ксенії Р Сафіни
- Для листування: [email protected]
- Знайдіть цього автора на Google Scholar
- Знайдіть цього автора на PubMed
- Шукайте цього автора на цьому сайті
- Для листування: [email protected]
- Знайдіть цього автора на Google Scholar
- Знайдіть цього автора на PubMed
- Шукайте цього автора на цьому сайті
- Для листування: [email protected]
- Знайдіть цього автора на Google Scholar
- Знайдіть цього автора на PubMed
- Шукайте цього автора на цьому сайті
- Для листування: [email protected]
- Знайдіть цього автора на Google Scholar
- Знайдіть цього автора на PubMed
- Шукайте цього автора на цьому сайті
- Для листування: [email protected]
- Знайдіть цього автора на Google Scholar
- Знайдіть цього автора на PubMed
- Шукайте цього автора на цьому сайті
- Для листування: [email protected]
- Знайдіть цього автора на Google Scholar
- Знайдіть цього автора на PubMed
- Шукайте цього автора на цьому сайті
- Для листування: [email protected]
Анотація
Триваюча пандемія ГРВІ-CoV-2 представляє нові виклики та можливості використання філогенетики для розуміння та контролю її поширення. Тут ми аналізуємо появу ГРВІ-CoV-2 у Росії в березні та квітні 2020 року. Поєднуючи філогеографічний аналіз з даними історії подорожей, ми підрахуємо, що відібрана вірусна різноманітність виникла з 67 інтродукованих у Росію, в основному наприкінці лютого до на початку березня. Усі ці заходи, крім одного, надходили з некитайських джерел, вказуючи на те, що закриття кордону з Китаєм сприяло затримці встановлення SARS-CoV-2 в Росії. Ці введення призвели до щонайменше 9 різних російських ліній, що відповідають вітчизняній передачі. Помітний кластер передачі відповідав внутрішньолікарняному спалаху в лікарні Вреден у Санкт-Петербурзі; Філодинамічний аналіз цього кластеру виявляє багаторазове (2-4) введення, кожне з яких призводить до великої кількості випадків, з високим початковим ефективним числом розмноження 3,7 (2,5-5,0).