Журнал фізичної хімії Б том 122, No 33

Вам потрібно увійти за допомогою свого ACS ID, перш ніж ви зможете увійти за допомогою свого акаунта Менделлі.

Увійти з ідентифікатором ACS

АБО ЦИТЕТИ ПОШУКУ

Ви ще не відвідували жодної статті. Будь ласка, відвідайте деякі статті, щоб переглянути вміст тут.

публікацій
моя активність
- недавно переглянутий

користувацькі ресурси
- Автори та рецензенти
- Бібліотекарі та менеджери рахунків
- Члени АСУ
- попередження
- RSS і мобільні
підтримка
- Демонстрація та підручники веб-сайтів
- Поширені запитання про підтримку
- Чат в чаті з агентом
- Для рекламодавців
- Для бібліотекарів та менеджерів рахунків
сполучення
- Підключіть пристрій до пари
- Створити пару з цим пристроєм
- Статус пари
Мій профільУвійтиВхідПарування пристроюПарування цього пристроюСпарений стан
про нас
- Огляд
- САУ та відкритий доступ
- Партнери
- Події

ВИДИ ЗМІСТУ

Усі типи

ТЕМИ

ПОПЕРЕДНЕ ВИПУСК
НАСТУПНЕ ВИПУСК
ПЕРЕГЛЯНУТИ ВСІ ПИТАННЯ
Якомога швидше
JAM

Про обкладинку:

У цьому випуску:

Біофізика; Фізична хімія біологічних систем та біомолекул

Електронно-фононове зв’язування в ціанобактеріальній фотосистемі I

Дмитро Олександрович Черепанов*,
Георгій Євгенович Мілановський,
Оксана А. Гопта,
Рамакрішнан Баласубраманіан,
Дональд А. Брайант,
Олексій Ю. Семенов*, і
Джон Х. Голбек*

Однією з фундаментальних проблем біофізики є те, чи можна білкове середовище при кімнатній температурі належним чином розглядати як рідкий діелектрик, чи його динаміка визначається впорядкованою молекулярною структурою, що нагадує властивості кристалічних та аморфних твердих речовин. Тут ми виміряли рекомбінацію між відновленим А1 та окисленою спеціальною парою хлорофілу Р700 у широкому діапазоні температур, використовуючи препарати фотосистеми I із ціанобактерії Synechococcus sp. PCC 7002 виснажує скупчення заліза і сірки. Ми виявили, що діелектричні властивості білкової матриці в ранніх реакціях переносу електронів фотосистеми I нагадують поведінку твердих речовин, які вимагають неявної обробки електронно-фононного зчеплення навіть при температурі навколишнього середовища. Квантові ефекти електрон-фононного зв’язування в білках можуть спричинити цілий ряд явищ, таких як слабка чутливість переносу електронів у пігментно-білкових комплексах до змін умов навколишнього середовища, включаючи температуру, рушійну силу, полярність та хімічний склад.

Механізм молекулярної перспективи завантаження наркотиків на вуглецеві нанотрубки – дендример: дослідження грубозернистої молекулярної динаміки

Саджад Кавяні,
Мітра Дадвар,
Хамід Модаррес*, і
Сепіде Амджад-Ірана

За допомогою грубозернистого моделювання молекулярної динаміки вивчався механізм навантаження білка убиквітин та лікарський засіб пірен як представників великих та малих молекул на вуглецеву нанотрубку – поліамідоамін (ПАМАМ). Результати показали, що оптимальну та стабільну систему доставки лікарського засобу для завантаження білка можна отримати, вставляючи молекули в послідовності: (i) PAMAM, (ii) білка та (iii) PAMAM. Також було встановлено, що правильне регулювання вагового співвідношення PAMAM до білка, визначеного як MwPAMAM/Mwprotein (де Mw - молекулярна маса), може призвести до досягнення стабільної системи завантаження білка. Однак для завантаження пірену було встановлено, що послідовність введення не має значного ефекту, і лише інкапсуляція молекул пірену в PAMAM та регулювання вагового співвідношення PAMAM до пірену (MwPAMAM/Mwpyrene) може вплинути на стабільність системи доставки лікарського засобу.

Фрагмент Молекулярно-орбітальне дослідження взаємодії між Сарко/ендоплазматичним ретикулюмом Са 2+ -АТФази та його інгібітором Тапсигаргіном щодо розвитку протималярійного розвитку

Такесі Ісікава*,
Сатоші Мізута,
Осаму Канеко, і
Казухіде Яхата

Плазмодій фальціпарум, збудник злоякісної малярії, нечутливий до тапсигаргіну (TG), добре відомого інгібітора сарко/ендоплазматичного ретикулуму людини Ca2 + -ATPase (SERCA). Щоб зрозуміти ключовий фактор, що спричиняє різницю чутливості, молекулярну взаємодію TG та кожної SERCA аналізували методом фрагмента молекулярної орбіталі (FMO). Хоча основним компонентом енергії взаємодії була неполярна взаємодія, основна різниця в молекулярній взаємодії виникла внаслідок полярної взаємодії, а саме взаємодії водневого зв'язку з гідроксильною групою TG. Крім того, ми успішно підтвердили ці результати розрахунку FMO, вимірюючи інгібуючу активність синтезованого похідного TG. Наші розрахунки та експерименти показали, що, замінивши гідроксильну групу TG іншою функціональною групою, чутливість TG до SERCA людини та P. falciparum може бути змінена. Це дослідження надає важливу інформацію для розробки протималярійних сполук, орієнтованих на P. falciparum SERCA.

Одноцепочечні олігонуклеотиди ДНК зберігають координати зростання, характерні для подвійних хеліків

Амедео Капобянко*,
Амалія Велардо, і
Андреа Пелусо

Структури одноланцюгових олігонуклеотидів ДНК від димерних до гексамерних послідовностей були ретельно досліджені. Обчислення, проведені на функціональному рівні щільності теорії, включаючи сили дисперсії та сольватацію, показують, що одноланцюгові спіралі приймають конформації, дуже близькі до кристалографічної B-ДНК, з координатами підйому до 3,3 Å. Попередні результати, що передбачають, що одинарні нитки повинні бути коротшими за подвійні спіралі, значною мірою походять від неповноти прийнятого базового набору. Незважаючи на те, що прогнозуються значущі відхилення щодо стандартної B-ДНК, розрахунки показують, що послідовності, багаті складеними аденинами, є найбільш впорядкованими, що сприяє структурі B-ДНК та індукує регулярні розташування також на фланкуючих нуклеобазах. Деякі структурні властивості подвійних спіралей, багатих аденіном, справді вже відображені відповідними одиничними нитками.

Профілі вільної енергії для конформаційних переходів A-/B-ДНК в ізольованих та агрегованих станах за допомогою моделювання молекулярної динаміки в усіх атомах

Ченг-Цунг Лай і
Джордж Шац*

У звичайному водному розчині B-ДНК є основною структурною формою ДНК. Після додавання етанолу вважається, що ДНК агрегується/конденсується в структурі А-форми. Однак існує невизначеність щодо того, чи пов'язана конформаційна зміна від B до A зі стадіями агрегування/конденсації. У цьому дослідженні ми провели моделювання молекулярної динаміки з усіма атомами та розрахували поверхню вільної енергії, яка бере участь у конформаційному переході A/B для ізольованих та агрегованих додекамерів Дікерсона – Дрю (DDD) у воді та середовищах 85% етанолу. Ми виявили, що у випадку ізольованого DDD загальний профіль вільної енергії повністю спускається вниз, щоб отримати конформацію B-ДНК як у воді, так і в 85% етанолі. Однак у агрегованому стані та 85% етаноловому середовищі існує мінімум вільної енергії, пов'язаний з областю А-ДНК, на додаток до загального мінімуму В-ДНК, і існує бар'єр вільної енергії ∼3 ккал/моль для конформаційна зміна від А до В. Результати молекулярної динаміки свідчать про те, що агрегація ДНК має важливе значення для формування А-ДНК.